根据复函通报：卫计部门一方面召开二级以上医院领导及相关人员会议，通报案件情况，学习相关法律规定，部署整改；并启动拉网式检查，对全市各级各类医疗机构落实医疗废物分类收集、集中处置情况进行了为期三个月的专项整治。
同时，根据此案提供的线索，严肃查处涉事医疗机构。共对3家涉案医院作出罚款10000元的行政处罚，对涉案的8家医疗机构的主要领导和两个区的卫计局医政科长进行集体约谈，两家医院责成相关科室和人员在单位例会上作公开检查，并扣发奖金。
并进一步加强医疗废物处置监管，完善集中处置流程，严格执行交接登记和转运监控制度，妥善处理医疗机构固体弃物。强化日常监管，落实环境保护“一岗双责”。将医疗废物管理纳入各区卫生部门综合目标考核，实行一票否决。 南京市六合区人民检察院对张某等三人提起刑事附带民事公益诉讼，要求追究三被告的刑事责任和民事责任。
南京市六合区人民法院经开庭审理，于2017年10月20日判决三名被告人犯污染环境罪，分别被判处有期徒刑一年三个月、有期徒刑六个月，缓刑一年以及有期徒刑六个月，缓刑一年的刑事处罚。同时判决三人依法承担民事侵权责任，要求三人就环境污染行为在省级媒体上公开赔礼道歉，并承担处置医疗废物的费用人民币37014元。
在不具备经营医疗废物资质的情况下，张某等人开办的垃圾回收站从南京多家医院回收混杂有已使用过的针头、皮条、棉签的输液瓶、输液袋，经简单分拣、粉碎后，销往江苏宿迁、睢宁、以及浙江等地，被加工成垃圾桶、口杯、儿童玩具等成品，有些甚至被加工成利器盒等医疗用品重新进入医院。这些医疗垃圾及其制品在威胁他人健康安全的同时，也严重污染了环境。
记者从南京市中级人民法院获悉，该院在审理一起轰动全国的医疗废物污染环境案之后，向南京市卫生和计划生育委员会（下文简称卫计委）发出司法建议，近日获得卫计委复函。根据该份复函，南京市卫计委共对3家涉案医院作出罚款10000元的行政处罚，对涉案的8家医疗机构的主要领导和两个区的卫计局医政科长进行集体约谈。
南京警方破获重大医疗废物污染案：随意扔在垃圾收购站里的医用输液袋、输液管、输液瓶等医疗废弃物，掺杂着使用过的一次性输液管、一次性注射器、注射针头危险品，经过违规黑心工厂的加工，制成一次性塑料餐盘和劣质儿童玩具。”报道引发社会各界对医疗垃圾随意处理的关注和担忧。